Il Convento di S. Maria a Ripa fu fondato nel 1483. La chiesa e il territorio circostante furono donati dalla famiglia Adimari, molto influente, in tutto il 1400 e il 1500, sia sulla vita religiosa che su quella economica di Empoli.
Dopo la donazione degli Adimari i frati avevano la loro dimora presso la chiesa in locali piuttosto piccoli. Nel 1487 la chiesa fu ampliata con la costruzione della sacrestia e il refettorio. Nel primo ventennio del 1500 la chiesa viene abbellita e le cappelle acquisiscono i loro patroni: S. Zanobi, Santa Lucia, San Donato, San Lorenzo. La chiesa fino alla sua consacrazione nel 1540 era intitolata “Santa Maria delle Grazie”. Della costruzione del convento si sa poco. Tra il 1540 e il 1565, il convento si presentava ormai come una struttura quadrangolare attorno al chiostro. A sud, accanto all’orto erano state costruite le officine e al piano superiore la prima biblioteca. Nel 1601 il pittore Lorenzo Bonini fu incaricato di affrescare con episodi tratti dalla vita di San Francesco le lunette del loggiato di facciata. Entro il 1550 furono poste le colonne corinzie per impreziosire la navata e furono costruite le edicole degli altari su cui rimangono gli stemmi delle famiglie nobili che patrocinarono i lavori: Malaspina, Marchetti, Sandonnini, Cavalli. Fu proprio un esponente di questa ultima famiglia, Padre Anton Francesco Cavalli, guardiano del convento, che tra il 1640 e il 1656 fece restaurare la cappella e il Convento che gia da allora assunse l’aspetto attuale.
Nella seconda metà del diciassettesimo secolo Santa Maria ospita numerosi religiosi di elevata cultura. Nel 1677 il Convento È dichiarato studio di filosofia o seminario e nel 1686 addirittura studio di Teologia provinciale sostituendo la sede di Livorno. Per tutto il 1700 gli interventi al Convento sono soltanto di ordinaria manutenzione. Nel 1833 viene costruito il nuovo seminario cosiddetto “quartiere Bargellini”. Il seminario E’ però frequentato da non più di 3 o 4 studenti e definitivamente chiuso nel 1836 quando viene aperto lo studentato di Pontassieve e Prato.
Dopo le soppressioni del 1866 dello Stato Italiano, il Convento, ad eccezione della chiesa e degli ambienti adiacenti che rimasero di proprietà della parrocchia, diventò di proprietà del Comune; il complesso fu poi riacquistato dai frati nel 1882. Altre modifiche e abbellimenti furono apportati alla chiesa e al convento nei decenni successivi. Alcune sale del seminario furono ristrutturate per ospitare una famiglia di suore della congregazione Suore francescane missionarie del Cuore Immacolato di Maria che dal 1942 dettero vita ad una scuola materna. Dalla partenza delle suore nel 1992 i locali sono stati destinati ad accogliere alcune associazioni cattoliche: Terziari, Scout e Misericordia. La chiusura del Convento nel 1994, prevista dall’Ordine per mancanza di un numero sufficiente di religiosi, è stata revocata dalla Curia fiorentina per conservare la più antica parrocchia francescana istituita nella regione, che rimane a testimonianza dell’Ordine dei Minori nelle terre empolesi. Nel novembre del 2000 prendono residenza e guida della parrocchia i padri indiani dell’Ordine dei Carmelitani Discalzi (O.C.D.) di Provincia del Karnataka-Goa.
